تواجه مزارع الحيوانات البحرية العديد من التحديات، بما في ذلك:
1- اضطرابات المناخ: تغير المناخ يمكن أن يؤثر على شروط المياه وإنتاجية المزارع.
2- الأمراض: يمكن أن تتسبب الأمراض في خسارة المحاصيل ونقل الأمراض من مزرعة إلى أخرى.
3- تلوث المياه: يجب أن يتم مراقبة جودة المياه والحفاظ على نظافة المحيطات والبحار المحيطة بالمزارع.
4- التكنولوجيا: يجب على مزارع الحيوانات البحرية تحديث تقنياتهم واستخدام أحدث التقنيات لتحسين تربية المحاصيل وزيادة الإنتاجية.
5- الأسعار: يتأثر سعر منتجات المزارع بالعرض والطلب والأحوال الجوية وتكاليف الإنتاج والحكمة الإدارية.
6- القوانين واللوائح: تتطلب العديد من الدول تراخيص خاصة وما يتبعها من متطلبات أخرى جدية، ويتعين على المزارعين الالتزام بها لتجنب المسائل القانونية والإغلاق.