تتضمن التحديات التي تواجهها المستشفيات عندما يتعلق الأمر بإدارة مواردها ما يلي:
1- الحصول على المعدات الصحية اللازمة والأدوية الحديثة والتكنولوجيا المستخدمة في الرعاية الصحية.
2- جذب وتدريب واحتفاظ بالكوادر الطبية المؤهلة والمتخصصة.
3- تقليل تكاليف الرعاية الصحية وجعلها بأسعار معقولة للمرضى الذين لديهم أمراض خطيرة والذين يحتاجون إلى رعاية دائمة.
4- تحسين كفاءة تكاليف الإنتاج الإداري والمالي والموارد البشرية.
5- ضمان اتباع السياسات الصحية والإدارية المتعلقة بالصحة والسلامة والرفاهية وتوفير الرعاية الصحية المناسبة للمرضى.