تواجه غينيا بيساو عدة تحديات في التنمية الاقتصادية، ومن أهمها:
1- الفساد وضعف الأجهزة الرقابية، مما يؤثر على استقرار البيئة الاقتصادية والاستثمارية.
2- نقص البنية التحتية، والتي تعتبر حجر الأساس لتحقيق التنمية الاقتصادية، وتشمل ضعف الطرق والجسور والموانئ والمطارات وشبكات الاتصالات والطاقة الكهربائية.
3- قلة التنوع الاقتصادي، حيث يتم اعتماد اقتصاد زراعي وصيد بحري يعتمد على الطقس والظروف الجوية، وتواجه هذه القطاعات العديد من المشاكل والتحديات.
4- ضعف النظام التعليمي والتدريب المهني، مما يؤدي إلى نقص في القوى العاملة المدربة والمؤهلة.
5- الديون الخارجية، حيث تعاني غينيا بيساو من تراكم ديون خارجية تؤثر على السياسات الاقتصادية والاستثمارية وتحجب جزءًا كبيرًا من الدخل القومي الإجمالي.
6- تأثر الاقتصاد بالأزمة العالمية والتغيرات الأمنية والسياسية في المنطقة، مما يزيد من التحديات التي تواجه غينيا بيساو في التنمية الاقتصادية.