تواجه السياحة المستدامة في المناطق الحرجية عدة تحديات، ومن أبرزها:
1- التغيرات المناخية: تؤثر التغيرات المناخية على البيئة الحرجية، وبالتالي تؤثر على جذب السياح واستمرارية السياحة في هذه المناطق.
2- ضعف البنية التحتية: العديد من المناطق الحرجية تفتقر إلى البنية التحتية السياحية اللازمة، مما يفترض باتخاذ الإجراءات الواجبة لتحسين هذه البنية، والذي يعد تحديا في حد ذاته.
3- العدوى الإيكولوجية: قد يؤدي تدخل السياح في البيئة الحرجية إلى تضرر النظام الإيكولوجي المحيط بالمنطقة وخفض جودة المياه والتربة والهواء.
4- ازدحام السياح: تستقطب المناطق الحرجية عدد كبير من السياح خلال فصل الصيف، مما يؤدي إلى ازدحام الأماكن وتشكل مشكلة بيئية.
5- عدم وعي السياح: إذا لم يتم توعية السياح بأهمية الحفاظ على البيئة الحرجية والمحيط، فقد يؤدي ذلك إلى إضرار البيئة وتفاقم المشاكل البيئية.