إن التجارة كانت من أهم أسباب ازدهار إندونيسيا التاريخي، وخاصة التجارة البحرية. وكانت إندونيسيا ميناء رئيسيا في التجارة بين الصين والهند والشرق الأوسط وأفريقيا، وقد تبادل البلد النباتات والحيوانات والتوابل والمجوهرات والمعادن مع بلدان أخرى في جميع أنحاء العالم.
كانت مملكة سريفيجايا (الحالية: جزر الفلبين) هي محور التجارة البحرية في جنوب شرق آسيا في القرن التاسع الميلادي، وكانت تجارة الملح والتوابل والألماس هي الأكثر أهمية.
في العصور الوسطى، كانت التجارة البحرية لإندونيسيا تتم عن طريق قوافل البحرية، حيث تم توطيد العلاقات التجارية بين هولندا وإندونيسيا خلال القرن السابع عشر الميلادي، حيث تم اكتشاف السبيداج وبدأ استخراجه، الذي أصبح العنصر الأساسي في التجارة بين البلدين.
وفي النهاية، تحولت السيطرة الكاملة على التجارة بين هولندا وإندونيسيا إلى استعمار، وبذلك احتلت هولندا إندونيسيا وأصبحت قائدة في التجارة والبحرية في المنطقة.