هناك العديد من البرامج التي يمكن أن يستخدمها المتحكم في التحكم الآلي، ومن بينها:
1- برامج البرمجة المخصصة للمتحكم الآلي مثل Ladder Logic وStructured Text وFunction Block Diagram وغيرها.
2- برامج التطبيقات الصناعية المخصصة لأغراض محددة مثل التحكم في الروبوتات والماكينات والمعدات المختلفة.
3- برامج التحكم الآلي المتقدمة مثل SCADA (Supervisory Control and Data Acquisition) و HMI (Human Machine Interface) و PLC (Programmable Logic Controller).
4- برامج التحكم الآلي المتقدمة مثل MATLAB وSimulink و LabVIEW وغيرها التي تستخدم للتحكم والمحاكاة والتحليل في العمليات الصناعية.