هناك العديد من الكائنات الحية المفترسة للبكتيريا، ومن بينها:
1- الفيروسات: حيث تستخدم الفيروسات البكتيرية كمضيفة لتكاثرها وتنميتها.
2- الفطريات: تستخدم الفطريات كمفترسة للبكتيريا عن طريق إفراز إنزيمات هاضمة لجدران الخلايا البكتيرية.
3- البروتيزوا: وهي عبارة عن كائنات حية أحادية الخلية تستخدم البكتيريا كمصدر للطاقة والغذاء.
4- الأميبا: تستخدم الأميبا البكتيريا كمصدر للطاقة والغذاء من خلال ابتلاعها للخلايا البكتيرية.
5- الحيوانات الدقيقة: وهي كائنات حية متعددة الخلايا تستخدم البكتيريا كمصدر للطاقة والغذاء. على سبيل المثال، الإسفنج يعتمد على البكتيريا للحصول على طاقة الغذاء.