تشمل الأنشطة الوظيفية للأنفاق المائية في هندسة التربة المائية العديد من النشاطات، مثل:
1- تغذية قنوات الري: حيث يمكن استخدام الأنفاق المائية لتغذية قنوات الري بالمياه اللازمة للزراعة.
2- الري الجوفي: يمكن استخدام الأنفاق المائية للري الجوفي، الذي يسمح بضخ المياه إلى التربة تحت السطح وترطيب الجذور المختلفة.
3- تحويل مجاري الأنهار: يمكن استخدام الأنفاق المائية لتحويل مياه الأنهار وتقليل إحتمالات الفيضانات.
4- إنشاء محطات الطاقة: يمكن استخدام الأنفاق المائية لإنتاج الطاقة الكهرومائية عن طريق إنشاء محطات طاقة تعتمد على تدفق المياه.
5- التغذية المستمرة للمدن بالمياه: يمكن استخدام الأنفاق المائية لتوصيل المياه إلى المدن بطريقة مستمرة وبكميات كبيرة.
6- إنشاء أنابيب الصرف الصحي: يمكن استخدام الأنفاق المائية لإنشاء أنابيب الصرف الصحي والتخلص من المياه العادمة.
7- الصيد والإنتاج الزراعي: يمكن استخدام الأنفاق المائية للصيد وتربية الأسماك والإنتاج الزراعي، وهذا من شأنه تقليل التخريب البيئي.