هناك العديد من الأمراض الجرثومية التي يمكن أن تؤثر على الجهاز التناسلي، ومنها:
1- التهاب المسالك البولية
2- التهاب المهبل
3- التهاب المبيضين
4- التهاب البروستات
5- السيلان
6- التهاب الخصية
7- التهاب مجاري الحيوانات المنوية
ويمكن للعديد من الأمراض الجرثومية التي تصيب الجهاز التناسلي الذكري والأنثوي أن تؤدي إلى مضاعفات خطيرة مثل العقم وأمراض الإيدز والزهري وغيرها. لذا يجب على الأفراد الذين يشتبه في إصابتهم بأي من هذه الأمراض زيارة الطبيب والعلاج المبكر.