تختلف الأدوات والبرامج المستخدمة في هندسة أنظمة الآلات حسب نوع الصناعة والتخصص الفردي للفني الميكانيكي أو المهندس الميكانيكي. ومع ذلك، بعض الأدوات والبرامج التي قد يستخدمها المهندسون والفنيون في هندسة أنظمة الآلات تشمل:
1- البرامج التصميمية مثل SolidWorks وAutoCAD.
2- برامج المحاكاة والنمذجة مثل ANSYS وCOMSOL.
3- برامج تحليل العناصر المحدودة مثل Abaqus وNastran.
4- برامج تحليل التآكل والتآكل الإجهادي.
5- برامج التحكم في الآلات مثل LabVIEW وMATLAB.
6- برامج تحليل اهتزازات الآلات.
7- الأدوات اليدوية مثل قواطع الأنابيب و المفكات الربط و الجوانات.
8- معدات القياس مثل أجهزة الاهتزاز ومقياس الحرارة وقياس النسب الهوائية.
9- معدات التشخيص مثل كتيب إرشادات الصيانة الأصلي و صور المخططات وإعادة ايجاد القطع.