تشمل الآليات البيوفيزيائية التي تهم الأحياء البحرية العميقة مجموعة واسعة من عوامل البيئة المختلفة، بما في ذلك:
1- درجة حرارة المياه العميقة: حيث تتراوح درجة حرارة المياه العميقة بين 1 – 4 درجات مئوية، مما يؤثر على نمو الأحياء البحرية العميقة وحركتهم.
2- الضغط: تتحمل الأحياء البحرية العميقة ضغطاً كبيراً من الماء الذي يغطيها، والذي يزيد بمرور الوقت وعمق البحر.
3- الإضاءة: لا توجد أي مصادر للضوء في أعماق البحار، وتلك هي السبب في تطور أحياء بحرية خاصة قادرة على التكيف مع الظروف العميقة.
4- التيارات والأمواج البحرية: يؤثر النزوح المستمر للماء في المحيط العميق وتغيرات درجة حرارته على التيارات والأمواج البحرية وبالتالي على حركة الأحياء البحرية العميقة.
5- التغذية: يعتمد الأحياء البحرية العميقة على مصادر تغذية تختلف من بين الطفيليات والأشجار الشحمية والكائنات البحرية الدقيقة المتنوعة.