يعد النظام الهيدرولوجي مهم جداً للمساحات المائية الطبيعية للأسباب التالية:
1- تحديد حجم المياه الجارية وحركتها: يمكن للنظام الهيدرولوجي تحديد كمية المياه الجارية وسرعتها في نهر أو مصب مائي، وهذا يساعد على تحديد الامتلاء والتفريغ والفيضانات.
2- تحديد التكوين الجيولوجي: يتعلق النظام الهيدرولوجي بتحديد طبيعة التكوينات الجيولوجية التي تحيط بالمساحة المائية، وهذا يرتبط بتحديد مدى تأثير التغييرات الطبيعية على حجم الماء الجوفي والمياه الجارية، وبالتالي توفير مياه نظيفة.
3- أمن الغذاء: يستفيد النظام الهيدرولوجي في تحديد الكمية الزراعية الممكنة للمساحة حسب كمية الأمطار، ويساعد في تنظيم المياه المتوفرة لتلبية احتياجات الزراعة وتوفير الغذاء.
4- الحفاظ على البيئة: يعمل النظام الهيدرولوجي على تحديد الكمية المناسبة للمياه الجارية والمصبات الطبيعية، ويساعد في حفظ الحياة البرية والأنواع النباتية التابعة للفصائل المائية الطبيعية.
5- التخطيط للتنمية المستدامة: يساعد النظام الهيدرولوجي في تحرير عمليات التخطيط المتعلقة بتنمية المصادر المائية في تلبية الاحتياجات المستدامة للناس.