تلعب المحميات الطبيعية دوراً هاماً في هندسة التربة المائية، وذلك لعدة أسباب، منها:
1- حفظ التنوع البيولوجي: حيث تساعد المحميات الطبيعية على الحفاظ على التنوع البيولوجي في النظام الإيكولوجي، وهذا يساعد في تقليل الآثار السلبية للعوامل البيئية المختلفة على مياه النهر والأراضي الرطبة.
2- التحكم في الحوض المائي: حيث تساعد المحميات الطبيعية في تحسين جودة المياه والتحكم في تدفق المياه في الحوض المائي، وذلك عن طريق تحسين جودة التربة وتحسين المحتوى المائي فيها، كما تحد من التآكل والتعرية للتربة في مناطق الأراضي الرطبة.
3- الحفاظ على مستويات المياه وتدفقها: حيث تحافظ المحميات الطبيعية على توازن مستويات المياه وتدفق المياه في الحوض المائي، وذلك عن طريق التحكم في التربة ومحتواها المائي.
4- تحسين جودة البيئة: حيث تساعد المحميات الطبيعية في تحسين جودة البيئة وتقليل التلوث، وذلك عن طريق تحسين التربة والتحكم في مستويات المياه وتدفقها.
بشكل عام، يمكن القول أن المحميات الطبيعية تعمل على تحسين كفاءة هندسة التربة المائية وجعلها أكثر فعالية ومستدامة، مما يؤدي إلى تحقيق التنمية المستدامة والحفاظ على البيئة.