يواجه علم الآثار في العالم العربي عدة تحديات، من بينها:
1- السياسية: تشمل النزاعات المسلحة والإرهاب والفوضى الأمنية وانعدام الاستقرار السياسي والاقتصادي والاجتماعي.
2- الخطر على المواقع الأثرية من جراء تخريبها ونهبها وتدميرها.
3- التحفظ على المواقع الأثرية وحمايتها من التغيرات الناجمة عن عمليات البناء والتطوير الحضري والزراعة وأي تجارة غير مشروعة.
4- قلة الدعم المالي والآليات المكافحة لحماية الموروث الثقافي العربي.
5- قد يشكل عدم وجود التعاون الإقليمي بين الدول العربية عامل تعقيد للأبحاث الأثرية المشتركة الهامة.
6- عدم توحيد المعايير والسياسات في مجال إدارة المواقع الأثرية بين الدول العربية.
7- نقص وعدم كفاءة وعدم التخصص بين الكوادر المرتبطة بالأعمال الآثرية في بعض الدول العربية.