تحديات الإدارة الوسطى تختلف من منظمة لأخرى وقد تشمل:
1- صعوبة تنسيق عمليات الإدارة الوسطى مع الإدارات الفرعية والإقليمية والمحلية.
2- صعوبة توفير معلومات دقيقة ومحدثة لاتخاذ القرارات الصحيحة.
3- صعوبة تحمل مسؤولية توجيه السياسة العامة للمنظمة.
4- صعوبة التعامل مع الضغوط السياسية والمالية والتنظيمية.
5- صعوبة تنسيق عمل الإدارة الوسطى مع مختلف الجهات الحكومية الأخرى.