يستخدم العلماء في دراسة علم الأشنة عدة أساليب بحثية، ومن بينها:
1- البحث الميداني: حيث يتم العمل في البيئة الطبيعية للأسماك وهو أسلوب يهدف للمساهمة في فهم الأسماك وسلوكياتها وتأثير العوامل البيئية عليها.
2- البحث المخبري: حيث يتم تحليل المكونات الفيزيائية والكيميائية في الماء وعينات الأسماك.
3- الاختبارات الميدانية: تتمثل في تطبيق وتقييم التقنيات والأساليب الجديدة في البيئة الحقيقية للأسماك.
4- النمذجة الحاسوبية: تستخدم النماذج الحاسوبية لتوقع تغييرات البيئة المستقبلية وتأثيرها على الأسماك.
5- البحث الجيني: حيث يتم دراسة التغييرات في الجينات الموجودة لدى الأسماك لفهم كيفية بقائها في بيئات متغيرة.