تتضمن أدوات الهندسة الطبية الخاصة بإدارة المستشفيات ما يلي:
1- نظم إدارة الملفات الطبية والمعلومات الصحية.
2- نظم إدارة الأصول والمعدات الطبية.
3- نظم المراقبة والتحكم في الأدوية والمستلزمات الطبية.
4- نظم التخزين والتوزيع والإمدادات الطبية.
5- نظم التقارير والإحصائيات الطبية.
6- نظم تحليل البيانات الطبية والتنبؤ بالاحتياجات المستقبلية.
7- نظم إدارة الجودة والمعايير الطبية.
8- نظم إدارة الصيانة والإصلاحات الطبية.
9- نظم الاتصالات والتواصل الداخلي والخارجي للمستشفى.
10- نظم الأمن والسلامة للمستشفى والمرضى والموظفين.