هناك العديد من أدوات التحليل الرياضي المركب المستخدمة في علم الفيزياء الحيوية، ومنها:
1- النمذجة الرياضية: وتشمل النماذج الرياضية الخطية والغير خطية ونماذج الأحياء الجزيئية والنماذج المختلطة، وتساعد هذه النماذج في فهم الظواهر الحيوية والعمليات التي تحدث على المستوى الدقيق.
2- تحليل البيانات الرياضي: مثل تحليل الاحتمالات والإحصاءات والتحليل المتعدد الأبعاد والتحليل الهيكلي، وتساعد هذه الأدوات في فهم التغييرات المناخية وتحليل البيانات الحيوية والتعرف على التغيرات الحيوية.
3- الكمبيوتر والبرمجيات: حيث توجد العديد من البرامج التي تساعد على التحليل الرياضي المركب والنمذجة، وتستخدم تكنولوجيا المعلومات في تتبع البيانات الحيوية وتخزينها وتحليلها.
4- تحليل الصور الحيوية: وهو نوع من التحليل الرياضي المركب يستخدم لفهم العمليات الحيوية داخل الخلايا وتحديد المرحلة التي تتواجد فيها الخلية.
5- التحليل الحراري: ويستخدم لفهم الخصائص الحرارية للجزيئات والخلايا والأنسجة، حيث يمكن استخدام الحرارة كمؤشر على التغيرات الحيوية في النظام الحيوي.