تواجه دراسة المورفولوجيا الأرضية العديد من المشكلات ومن أبرزها:
1- تغير الطبيعة الجيولوجية للأرض: قد يؤدي تفاوت الصخور والتركيب الجيولوجي إلى صعوبة تحليل المورفولوجيا الأرضية.
2- النقص في البيانات: قد يكون الحصول على بيانات مفصلة عن المورفولوجيا الأرضية مكلفًا وصعبًا جدًا، ولذلك يمكن أن يكون هناك نقص في البيانات.
3- العوامل البيئية: قد تؤثر الظواهر الطبيعية مثل الرياح والأمطار والزلازل والبراكين والأنهار والبحار على المورفولوجيا الأرضية وتجعلها صعبة التحليل.
4- العوامل البشرية: قد تؤثر الأنشطة البشرية مثل الزراعة والبناء والتعدين والتصنيع على المورفولوجيا الأرضية وتغيرها.
5- عدم وجود تقنيات متطورة: قد يكون من الصعب تحليل المورفولوجيا الأرضية بدقة بسبب عدم وجود تقنيات متطورة وفعالة لذلك.