تختلف آلية تنظيم العمل في الكونفدرالية السياسية بحسب الدولة أو المجتمع المعني، ولكن بشكل عام فإن الكونفدرالية تتبع نظاماً يعتمد على اللامركزية والتشاركية، حيث يتم تنظيم العمل بطريقة ذاتية وبشكل تعاوني بين الجماعات والمجتمعات الأعضاء في الكونفدرالية.
وعلى الرغم من هذا النظام اللامركزي للكونفدرالية، إلا أن هناك بعض الهيئات والهياكل المركزية التي تقوم بخدمة الجماعات الأعضاء والدفاع عن مصالحها، ولكنها لا تتدخل بشكل مباشر في عمل الجماعات الأعضاء، وذلك لضمان حرية اتخاذ القرارات المحلية وتمكين الجماعات الأفراد من قدرة على تحديد مستقبلها بشكل مستقل.
يمكن أن يشمل عمل الكونفدرالية السياسية مجموعة من الأنشطة، مثل تبادل الخبرات والمعلومات، والتعاون في مجالات مختلفة مثل التجارة والثقافة والتعليم، ودعم الجماعات الأعضاء في حملاتها السياسية والعامة. ولأن الكونفدرالية تعتمد على التشاركية والتعاون بين الجماعات الأعضاء، فإنها تحتاج إلى مستوى عالٍ من الثقة والتفاهم بين هذه الجماعات، وهو ما يمكن تحقيقه من خلال وجود إطارٍ واضحٍ ينظم العمل ويحدد الأهداف والمسؤوليات.