تختلف آلية التحكم في الصادرات والواردات في اتفاقيات التجارة الحرة من بلد إلى آخر، ولكن بشكل عام، يتضمن ذلك التزامات الحد من الرسوم الجمركية والتعريفات الأخرى على المنتجات التي يتم تداولها بين الدول الأعضاء في الاتفاقية. ويتم ذلك من خلال فصل الرسوم الجمركية عن المنتجات والخدمات التي تم تداولها بين الدول الأعضاء، أو تخفيضها تدريجيًا حتى تصل إلى الصفر تدريجيًا.
كما يتضمن ذلك أيضًا التزامات لتبسيط الإجراءات الجمركية والتنظيمية الأخرى، وتعزيز تبادل المعلومات والتعاون بين الدول الأعضاء لتحسين قدرتها على مراقبة ومواجهة ممارسات الصادرات والواردات غير المشروعة وتفشي التجارة غير الشرعية والتزوير.
بشكل عام، تهدف آلية التحكم في الصادرات والواردات في اتفاقيات التجارة الحرة إلى تحقيق الاستفادة المتبادلة من التجارة الحرة بين الدول الأعضاء، وتشجيع التواصل الاقتصادي والتعاون بينها بهدف تحسين النمو الاقتصادي وخلق فرص العمل وتقديم الأمن الغذائي.