تتضمن آليات التنظيم والتنسيق في إدارة المياه عدة خطوات وإجراءات، منها:
1- إنشاء هيئات ومؤسسات تنظيمية وإدارية مختلفة للمياه، وتعزيز قدراتها وتوفير الموارد اللازمة لها.
2- تطوير السياسات والإجراءات القانونية المتعلقة بإدارة المياه، وتحديثها بشكل دوري لتلبية المتطلبات الحالية والمستقبلية.
3- تعزيز التنسيق بين الجهات المعنية بإدارة المياه، وتوحيد الجهود والتعاون بينها لتحقيق أهدافها المشتركة.
4- تعزيز الشراكات بين القطاعات العامة والخاصة والمجتمع المدني، لتعزيز التنمية المستدامة وتحقيق الأهداف المشتركة في إدارة المياه.
5- توفير البيانات والمعلومات اللازمة لإدارة المياه، وتعزيز استخدام التكنولوجيا الحديثة لتحسين جودة وكفاءة إدارة المياه.
6- تحديد الأولويات والمخاطر المتعلقة بإدارة المياه، وتطوير خطط الطوارئ والاستجابة للأزمات المتعلقة بالمياه، وتوفير الموارد اللازمة لها.