يتم استخدام العديد من أنظمة التشغيل المختلفة في الحواسيب المكتبية، ومن أبرزها:
1- ويندوز (Windows) التي تنتجها شركة مايكروسوفت.
2- ماك أو إس (Mac OS) التي تنتجها شركة أبل.
3- لينكس (Linux) وهي نظام تشغيل متاح المصدر، ويتم استخدامها بشكل واسع في الحواسيب المكتبية والخوادم.
4- أوبونتو (Ubuntu) وهي نسخة من نظام لينكس، ويستخدمها العديد من المستخدمين في الحواسيب المكتبية.
5- كروم أو إس (Chrome OS) وهي نظام تشغيل يعتمد على متصفح جوجل كروم ويتم استخدامه في حواسيب منتجات جوجل مثل كروم بوك.