تُستخدم الأنزيمات في المجال الطبي لعدة أغراض، حيث يمكنها تحطيم البروتينات والعناصر الأخرى في الجهاز الهضمي، كما يمكنها إزالة الجزيئات الضارة في الدم وتنظيم مستويات الهرمونات في الجسم.
تُستخدم الأنزيمات أيضاً في صناعة الأدوية، إذ يمكن استخدامها لتحسين امتصاص الأدوية أو تحويلها لتصبح أكثر فاعلية. كما يتم استخدام الأنزيمات في العديد من فحوصات التشخيص الطبي، حيث يتم استخدامها لتحليل العينات الحيوية مثل الدم والبول والعينات الحيوانية.
وتُستخدم الأنزيمات أيضاً في العلاج الطبيعي، حيث يمكن استخدامها لتخفيف الالتهابات وتحسين الحركة وتقليل الألم في المفاصل والعضلات.