تلوث المياه يؤثر سلباً على المحاريات بعدة طرق، منها:
1. تأثير السموم: يتسبب التلوث بوجود أحد الملوثات مثل المواد الكيميائية والفضلات الصناعية الخطرة في تحرر السموم التي تؤثر على المحاريات.
2. تغير جودة المياه: التلوث الناتج عن النشاط البشري يتسبب في تغير جودة المياه بما في ذلك درجة حموضتها وملوحتها، مما يؤدي إلى تحول البيئة المناسبة للمحاريات إلى غير ملائمة.
3. تأثير درجة حرارة المياه: يتأثر تقدم المحاريات بدرجة حرارة المياه، فالمياه الساخنة والملوثة تؤدي إلى تخفيض كفاءة الحياة المائية وبالتالي محدودية عمليات التنفس والتغذية .
4. تأثير التدهور البيئي: يؤدي التلوث الناتج عن النشاط البشري إلى تدهور بيئة المحاريات وتدني جودة الحياة لهم بشكل عام.
5. تأثير الأمراض: ينتشر التلوث بالأمراض بشكل كبير في المياه الملوثة ويؤثر على المحاريات بصورة مباشرة، وتؤدي الأمراض إلى تحول البيئة المناسبة إلى غير ملائمة بنسبة كبيرة.