تلوث المياه في المزارع الحيوانية يمكن الحد منه باتباع بعض الإجراءات المهمة، ومنها:
1- التخلص من النفايات الحيوانية بشكل صحيح وفعال.
2- اتباع الممارسات الزراعية الصحية، والتي تشمل استخدام الأسمدة بشكل متزايد.
3- تجنب إفرازات المبيدات الحشرية والأدوية والمضادات الحيوية في مسطحات المزارع.
4- استخدام التقنيات الجديدة لمعالجة النفايات الحيوانية والحفاظ على المياه من الأتربة والعوالق.
5- اتباع مبادئ التصميم الصحية والهندسة في بناء منشآت المزارع، بما في ذلك جميع المرافق ذات الصلة.
6- إنشاء الأحواض الطبيعية لمعالجة المياه العادمة التي تفرز من المزارع.
7- تقليل حجم مساحة المزارع الحيوانية.
8- الحد من الاستهلاك المياه عن طريق استخدام نظام الري النظيف والفعال.