يمكن استخدام المناطق الرطبة للحفاظ على نقاء المياه وتنظيفها عن طريق:
1. إطعام الكائنات الحية الموجودة في المنطقة الرطبة بالمواد العضوية و النباتات الميتة، حيث يساهم ذلك في تخفيض المواد العضوية في المياه.
2. تعميق التربة والحفاظ على النباتات الرطبة في المنطقة الرطبة، حيث يمكن للنباتات تنقية المياه من الملوثات والرواسب المختلفة.
3. استخدام الأحواض الطبيعية ومحاطات الأحواض بالنباتات الرطبة، حيث تسمح هذه المناطق بامتصاص الملوثات والتخفيف من التلوث في المياه.
4. توجيه السيول والأمطار الجارفة إلى المناطق الرطبة، حيث يمكن عزل التربة عن الجزء السطحي للتربة وبالتالي يعمل الماء على تنقية الجزء السطحي ومن ثم تنقيته في المنطقة الرطبة.
5. استخدام الأنشطة الزراعية التي تساهم في زيادة التربة العضوية والتقليل من الملوثات المنزلية والزراعية التي تسبب التلوث في المياه.