يقوم الجراحون بتعقيم أدواتهم الجراحية باستخدام مجموعة من الإجراءات الصارمة التي تضمن القضاء على كل الجراثيم والميكروبات التي قد تتسبب في العدوى.
وتبدأ العملية بغسل الأدوات بالماء والصابون ثم يتم وضعها في حاوية تحتوي على محلول معقم يحتوي على مواد كيميائية تقضي على الجراثيم. تتمثل هذه المواد في الكحول والكلور والإيثيلين والنيتروجين والجليد الثلاثي.
كما يتم استخدام الضغط العالي والحرارة العالية في بعض الأحيان لإزالة الجراثيم والميكروبات من الأدوات الجراحية.
وبمجرد الانتهاء من عملية التعقيم الدقيقة، يتم تخزين الأدوات بعناية في مكان نظيف وجاف وخالي من الجراثيم حتى يتم استخدامها في العمليات الجراحية اللاحقة.