تم استخدام الأدوات الحجرية في الجراحة والطب في الماضي. فقد استخدم البشر الأدوات الحجرية للتشخيص والعلاج منذ العصور القديمة.
على سبيل المثال، كانت الأدوات الحجرية مستخدمة للعلاج في الحضارات القديمة مثل حضارة الأزتيك والإنكا. وكانت تستخدم مثل هذه الأدوات لإزالة الأورام والحصى والأجزاء الميتة من الجسم. وكان الحجر الصلب المصقول المستخدم كبديل للشفرات الحديدية في الجراحات.
ومع ذلك، تم استبدال الأدوات الحجرية بالأدوات المعدنية بعد ذلك لأن الأدوات المعدنية كانت أكثر بقاءً وسهولة في الاستخدام، كما أنها تسمح بالتعامل مع الفئران المصابة بطريقة أفضل. ومع ذلك، لا تزال الأدوات الحجرية تستخدم في بعض الأحيان في الممارسات الطبية التقليدية، خاصة في العلاج الطبيعي والأسنان.