في العشرين من سبتمبر عام 1498، عندما تعصف القوى الطبيعية بالأرض بقسوة لتخلق واحدة من أكثر الكوارث المدمرة التي عرفتها تلك الحقبة، وذلك في ساعات الصباح الأولى في مياه بحر إينشونادا قبالة سواحل اليابان، حيث يتربص الزلزال الضخم بقوة مدمرة تقدر بقوة 8.3 درجات على مقياس ريختر. وقد أدى هذا الزلزال الضخم إلى إحداث اهتزازات عنيفة تأثرت بها مناطق ولايات عديدة في اليابان، بدءًا من واكاياما ونارا وميي وآيتشي وشيزوكا وياماناشي وكاناغاوا وطوكيو وسايتاما وتشيبا وغوما وتوتشيغي وإيباراكي وفوكوشيما.
ومع أن الزلزال قد أحدث دمارًا هائلًا ولكن الدمار الرئيسي جاء على يد موجات المد البحري المدمرة التي طالت السواحل من شبه جزيرة كيي إلى شبه جزيرة ميورا. في عميناتو بمحافظة ميي، غمرت المياه 1000 منزل وجرفتها ولقي نحو 500 شخص حتفهم. وفي كاماكورا، وصلت الأمواج إلى معبد دايبوتسو ولقي نحو 200 شخص حتفهم، وقد كانت الآثار مشابهة لتلك التي حدثت في عام 1495. أما في جزيرة هاتشيجو، فلقي شخص مصرعه جراء الزلزال والتسونامي.
وفي ذات اليوم، وتحديدًا في موقع آخر بالتقرير رُصدت هزة أرضية ذات قوة 8.6 درجات على مقياس ريختر على بعد حوالي 34.1 درجة شمالاً و138.2 درجة شرقاً. وقد غمرت المياه مساحة تقدر بحوالي 19 هكتاراً من مدينة تسو في اليابان، حيث تمت ملاحظة غرق أكثر من ألف منزل واختفاءها تحت مياه البحر. وفي مدينة أوميناتو في إيسي، غرق 1000 منزل وجرفتها المياه، بينما فقد حوالي 5000 شخص حياتهم في هذه المنطقة جراء تأثير الأمواج العاتية التي بلغ ارتفاعها حوالي 10 أمتار. وفي مقاطعة نيشينا بمنطقة إيزو، وصلت الأمواج لمسافة 2 كيلومتر داخل اليابسة، مما أسفر عن وفاة حوالي 26000 شخص في منطقة يايزو بخليج سوروغا. وعلاوة على ذلك، انفتحت بحيرة هامانا على البحر، مما ساهم في تفاقم الكارثة وتوسيع نطاق الدمار.
تشير المصادر إلى أن عدد الوفيات بسبب الغرق قد تم ذكره على أنه 26000، لكن يُمكن أن يكون هذا خطأ طباعيًا حيث يُفترض أن يكون 260 شخصًا. وقد شهدت بحيرة هامانا تمزقًا بسبب التسونامي مما أدى إلى وجود ممر مؤقت إلى المحيط، ومن هنا جاء تسمية مكان إيماجيري الذي تم هدمه بعد ذلك. وتم غسل نحو 1000 منزل في إيسي، وغرق نحو 5000 شخص بسبب الفيضانات والتسونامي.