PhyloXML هي لغة XML تم تطويرها لتحليل وتبادل وتخزين الأشجار الفيلوجينية (أو الشبكات) والبيانات المرتبطة بها. يتم وصف هيكل PhyloXML بواسطة لغة تعريف مخطط XML (XSD). أحد النقاط الضعيفة في التنسيقات الحالية لوصف الأشجار الفيلوجينية (مثل Nexus و Newick/New Hampshire) هو عدم وجود وسيلة موحدة مقيَّدة لتعليق فروع وعقد الشجرة بحقول بيانات متميزة (التي قد تكون في حالة شجرة الأنواع الأساسية: أسماء الأنواع وأطوال الفروع وربما قيم الدعم المتعددة). يصبح تخزين البيانات وتبادلها أكثر عناءً في الدراسات التي تكون فيها الأشجار ناتجة عن مصالحة معينة: الدراسات الخاصة بوظائف الجينات (تتطلب تعليق عقد الشجرة بمعلومات تصنيفية بالإضافة إلى أسماء الجينات وربما بيانات تكرار الجين) تطور التفاعلات المضيف-مبيض (تتطلب تعليق عقد الشجرة بمعلومات تصنيفية لكل من المضيف والمبيض) الدراسات الفيلوجيوجرافية (تتطلب تعليق عقد الشجرة بمعلومات تصنيفية وجغرافية). للتخفيف من هذا، ظهرت مجموعة من التنسيقات الخاصة بالغرض والعشوائية (مثل تنسيق NHX، الذي يركز على احتياجات دراسات وظائف الجينات والفيلوجينوميات). يتناول تنسيق XML المحدد بشكل جيد هذه المشاكل بطريقة عامة وقابلة للتوسيع ويسمح بالتشغيل بين البرمجيات المتخصصة والعامة. مثال على برنامج لتصور PhyloXML هو Archaeopteryx. PhyloXML له القدرة على تعليقات الخط وتحديد الدلالة الدلالية. من المهم ملاحظة أن PhyloXML ليست مشروع مفتوح المصدر.
0
