هناك دراسات تشير إلى أن زواج الأقارب قد يزيد من احتمالية وجود مشاكل وراثية في الأجيال اللاحقة. وذلك لأن زواج الأقارب يؤدي إلى تكرار الجينات المشتركة بين الزوجين وزيادة احتمالية وجود جينات معيبة أو متطابقة. وتعرف هذه الحالة بالتزاوج المتشابه. ومن المشاكل الوراثية التي قد تحدث بشكل متكرر في حالة زواج الأقارب هي مرض الثلاسيميا والتوحد وتشوهات النمو والتطور.
ومع ذلك، يجب أن نلاحظ أن هذه الاحتمالية ليست قاعدة عامة، فالعوامل الوراثية المؤثرة تختلف من شخص لآخر وتعتمد على تنوع الجينات في السكان. بالإضافة إلى ذلك، فإن التقدم في التشخيص الجيني والنصائح الوراثية يمكن أن يقلل من مخاطر الأمراض الوراثية في حالة زواج الأقارب.
عمومًا، يجب على الأشخاص الذين ينوون الزواج من أقاربهم أن يستشيروا طبيب الوراثة أو الاستشاري الوراثي لتقييم مخاطر الزواج والحصول على المشورة اللازمة قبل اتخاذ القرار النهائي.