لا يوجد تعارض بين الفلك الأشعة الجاما ونظريات الفيزياء الحديثة. في الواقع، فإن استخدام الأشعة الجاما في الفلك يعتمد على النظريات الحديثة للفيزياء، مثل النظرية النسبية والنظرية الكمية. وتستخدم الأشعة الجاما في الفلك لدراسة الأشياء مثل الثقوب السوداء والنجوم النيوترونية والانفجارات النووية وغيرها من الظواهر الكونية، وهذا يتطلب فهماً عميقاً للفيزياء الحديثة. لذلك، فإن الفلك الأشعة الجاما يعتبر جزءًا من علم الفيزياء الحديثة ولا يتعارض معه بأي شكل من الأشكال.