تستخدم الكيمياء الحيوية المتكاملة في مجالات عديدة مثل الزراعة والغذاء والطب والبيئة. ومعظم العمليات والتقنيات المستخدمة في هذه المجالات مأخوذة من العلوم الحيوية الأساسية ولا تتضمن مخاطر كبيرة.
ومع ذلك، فمن المهم مراعاة بعض المخاطر المحتملة، مثل:
1- التفاعل الغير محظوظ بين المكونات المختلفة والذي يمكن أن يؤدي إلى تكوين مواد غير مرغوب فيها.
2- القدرة على انتشار العوامل الحيوية المعدلة وتأثيرها على البيئة والكائنات الحية الأخرى.
3- التأثير الذي يمكن أن تلعبه التغيرات الجينية البشرية في الصحة العامة والبيئة.
لحماية الصحة العامة والبيئة، يتم تنظيم استخدام الكيمياء الحيوية المتكاملة عن طريق اللوائح والقوانين الصارمة التي تضمن سلامة وفعالية العمليات والتقنيات المستخدمة. وبالتالي، تتم مراقبة وتقييم الأثر الصحي والبيئي لجميع المنتجات والتقنيات المتعلقة بالكيمياء الحيوية المتكاملة.