تتميز منهجية ابن القيم الجوزية في التعامل مع العلوم الدنيوية بالتركيز على تحقيق الأهداف الشرعية في استخدامها وتطبيقها. ويتمثل هذا في ما يلي:
1- تحديد الأهداف الشرعية: ينطلق ابن القيم من أن الأهداف الشرعية هي المقصد الأسمى في استخدام العلوم الدنيوية، ويعمل على تحديدها في الميدانين الفردي والجماعي.
2- تقوية الإيمان والخشية: يرى ابن القيم أن الإيمان القوي والخشية الصادقة هما السلاح الفعال في حفظ العبد لنفسه من الوقوع في المحظورات واستغلال العلوم الدنيوية في الأغراض الشرعية.
3- تجنب المحظورات: ينصح ابن القيم بتجنب استخدام العلوم الدنيوية في المحظورات والمنكرات، وينصح بالابتعاد عن أي نشاط يدخل في إطار المعاصي لا سيما في الأمور الدينية.
4- تفهيم العلوم الدينية: يؤكد ابن القيم أن العلوم الدنيوية ليست منافسة للعلوم الدينية، بل تستطيع أن تكون وسيلة لفهمها وتفهيمها للآخرين.
5- تحري الحقيقة: يشجع ابن القيم على النظر الفعلي إلى الأمور والابتداع في العلوم الدنيوية بغية تحليلها واستنباط الحقائق العلمية، وتفهيمها للآخرين.
6- الاحترام والاستفادة: يوجه ابن القيم إلى أن يكون للعلوم الدنيوية احترام واستفادة، ويمكن استخدامها في خدمة المجتمع والفرد بما يتفق مع الأهداف الشرعية التي تقوم عليها الوجود البشري.