يوفر تصميم البروتين الحاسوبي عدة مميزات، ومنها:
1- توفير الوقت والجهد: يمكن للتصميم الحاسوبي للبروتين توفير الكثير من الوقت والجهد الذي يُستهلك في البحث والتجارب العملية.
2- تحسين فهم البروتين: يمكن لتصميم البروتين الحاسوبي أن يساعد في فهم البروتين بشكل أفضل وتحديد خصائصه ووظائفه.
3- توجيه الأبحاث العلمية: يمكن لتصميم البروتين الحاسوبي أن يساعد في توجيه الأبحاث العلمية وتحديد المسارات المحتملة لتحسين البروتين.
4- إمكانية التنبؤ بالتفاعلات الجزيئية: يمكن لتصميم البروتين الحاسوبي أن يساعد في التنبؤ بالتفاعلات الجزيئية المحتملة للبروتين مع مركبات أخرى، مما يساعد في تصميم الأدوية والعلاجات.
5- توسيع نطاق البحث: يمكن لتصميم البروتين الحاسوبي أن يساعد في توسيع نطاق البحث والتعرف على بروتينات جديدة ومجهولة.