مفهوم البيئة في الهندسة الصناعية النظامية يحدد كل ما يتعلق بالأثر المتكامل لنظام الإنتاج على البيئة المحيطة، بشكل سلبي أو إيجابي. يعمل الهندسيون الصناعيون على تصميم الأنظمة الصناعية التي تحترم البيئة وتحسن جودة الأرض والماء والهواء. يهدف المفهوم أيضاً إلى توفير وسائل الحد من التلوث وزيادة كفاءة استهلاك الموارد مع تحقيق الإنتاجية المنشودة.
أما مفهوم الأمان، فهو عبارة عن مجموعة الإجراءات والتدابير المصممة للتحقق من السلامة والأمان في منطقة العمل والمحافظة عليها. يحرص الهندسيون الصناعيون على تحديد كل الأخطار المحتملة لحدوث حوادث، وتصميم الأنظمة الصناعية بطريقة تضمن تجنب هذه الحوادث. آليات السلامة والأمان تشمل اللوائح والإجراءات الموحدة، والتدقيق الدوري والمنتظم على العمال والمعدات والأنظمة، وصيانتها وإصلاحها بشكل فوري في حالة الضرورة. كما يعد التدريب الدوري والإلزامي للعمال والإداريين في منطقة العمل من الجوانب الأساسية التي تساعد على تحقيق السلامة والأمان.
