هناك عدة معوقات لتطبيق الإدارة العلمية في بعض الدول، منها:
1- الثقافة الإدارية القديمة: بعض الدول تتمسك بالثقافة الإدارية القديمة التي تعتمد على الخبرة والمهارة الشخصية، ولا تولي اهتماماً كافياً للأدلة العلمية والبحوث في صنع القرارات الإدارية.
2- قلة الخبرة والتدريب: قد يفتقر بعض المدراء والموظفين للخبرة والتدريب اللازم لتطبيق الإدارة العلمية بشكل فعال.
3- قلة الموارد المالية: يتطلب تطبيق الإدارة العلمية استخدام التقنيات والأدوات الحديثة، وهذا يتطلب تحمل تكاليف إضافية، وقد لا تتوفر هذه الموارد في بعض الدول.
4- العوامل الثقافية والاجتماعية: تختلف العوامل الثقافية والاجتماعية من دولة إلى أخرى، ويمكن أن تؤثر على تطبيق الإدارة العلمية، مثل العادات والتقاليد والمعتقدات والقيم الثقافية المختلفة.
5- الوضع السياسي والاقتصادي: يمكن أن يؤثر الوضع السياسي والاقتصادي على قدرة الحكومة والمؤسسات على تطبيق الإدارة العلمية، وقد يتعرض التطبيق للتأخير أو التعطيل في ظل وجود أزمات اقتصادية أو سياسية.