توجد العديد من المشاكل والخلافات المائية بين إسرائيل ودول المنطقة، وتشمل هذه المشاكل:
1- نقص المصادر المائية: تعتبر مصادر المياه قليلة في المنطقة بسبب الجفاف الطبيعي والمياه المتلاشية بسرعة.
2- سيطرة إسرائيل على مصادر المياه: تسيطر إسرائيل على مصادر المياه الرئيسية في المنطقة، وتستخدمها لصالحها على حساب الدول المجاورة.
3- تركيب المياه: تدفع إسرائيل للحصول على أجور مرتفعة عند توريد المياه للدول المجاورة، مما يزيد من الحاجة للمياه المستقلة.
4- التلوث: يتضرر نوّاقل مصادر المياه بسبب التلوث الصناعي والزراعي والمدني.
5- التحديات السياسية:يوجد العديد من التحديات السياسية المتعلقة بتقاسم المياه في المنطقة لاسيما في النزاع الفلسطيني الاسرائيلي، وتطبيع العلاقات بين أصحاب الحصص في المياه.