تتضمن المشكلات المحتملة في نشر البحث على الإنترنت ما يلي:
1- الإخطار الأمنية: قد تعرض المستندات الموجودة على الإنترنت للإختراق أو القرصنة، مما يؤدي إلى نشرها أو تحريفها أو الكشف عن تفاصيل شخصية للمؤلفين أو المستخدمين.
2- عدم الإعتراف: نقل المحتوى من قبل أشخاص غير مصرح لهم، وسطوا بذلك على حقوق المؤلف.
3- الطبعة الرقمية: الصعوبات في معالجة النصوص الكتابية و الرسومية و الرموز المستخدمة في النشر الورقي مثل الرسوم الهندسية.
4- عدم توفر الترجمة : قد لا يكون هناك ترجمة كافية ذات جودة عالية إلى لغات أخرى للنصوص المنشورة دون زيادة في التكاليف.
5- صعوبات الوصول: قد يواجه البعض صعوبة في الوصول إلى المحتوى المنشور بسبب قيود الإنترنت أو عدم توافر جميع المصادر على الإنترنت.