هناك العديد من المشكلات التي تواجه الأنثروبولوجيا الحضرية، ومن بينها:
1- تعقيدات المدن المتنامية: تتزايد حجم المدن وتعقيدها، وهذا يجعل من الصعب فهم جوانبها الاجتماعية والثقافية والاقتصادية.
2- تحولات المدن: تتغير المدن مع مرور الزمن، وتشهد تحولات اجتماعية وثقافية واقتصادية، وهذا يجعل من الصعب دراسة المدن بشكل دائم.
3- تحديات التنوع الثقافي: تتعدد الثقافات واللغات في المدن، ويجب على الأنثروبولوجيين التعامل مع هذه التحديات ودراستها بشكل جيد.
4- تحديات التغير الاجتماعي: يتغير النظام الاجتماعي في المدن، وتظهر مشكلات جديدة تحتاج إلى دراسة وتحليل.
5- التحديات المنهجية: يواجه الأنثروبولوجيون في الحضرية تحديات منهجية، حيث تختلف طرق البحث والتحليل في المدن عن طرقها في المجتمعات الريفية.