هناك عدة مشاكل قد تواجهها عند جمع وتدقيق الآثار، من بينها:
1- عدم توفر الموارد الكافية لجمع الآثار، مثل الوقت والمال والمعدات المطلوبة.
2- صعوبة الوصول إلى المناطق التي تحتوي على الآثار، خاصة إذا كانت تقع في مناطق نائية أو خطرة.
3- عدم وجود تنظيم وتعاون بين الجهات المعنية في جمع الآثار، مما يؤدي إلى ضياع وتدمير العديد من الآثار.
4- صعوبة تحديد صحة الآثار وتاريخها الدقيق، حيث قد يكون من الصعب تحديد تاريخ ومصدر الآثار بدقة.
5- عدم وجود معايير واضحة لتقييم الآثار، مما يؤدي إلى اختلاف في التقديرات والتفسيرات حول الآثار.
6- تهديد الآثار بالتلف والتدمير نتيجة لعوامل بيئية مثل التآكل والتلوث والحروب والتخريب.