تعاني المحاسبة الحكومية من مجموعة متنوعة من المشاكل، ومن أبرزها:
1- ضعف التخطيط المالي والميزانية الحكومية، بسبب عدم وجود آلية مناسبة لتحديد الاحتياجات المالية وتخصيص الموارد لتلبية تلك الاحتياجات.
2- قلة التدريب والتأهيل للموظفين المسؤولين عن الحسابات الحكومية؛ مما يؤدي إلى ضعف القدرة على القيام بالمهام المالية والمحاسبية بكفاءة.
3- قلة الشفافية والمصداقية في تقارير المحاسبة الحكومية، الأمر الذي يزيد من صعوبة مراقبة وتتبع الإنفاق المالي.
4- تعاني المحاسبة الحكومية من مشكلات في إدارة الديون والتزامات الحكومة، مما يؤثر على الميزانية الحكومية ويزيد من العجز المالي.
للتغلب على هذه المشاكل يمكن اتخاذ عدد من الإجراءات مثل:
1- تطوير نظام الإدارة المالية والمحاسبية الحكومية، بما يكفل تخطيطاً دقيقاً للموارد والاحتياجات المالية، وضمان شفافية ومصداقية التقارير المالية.
2- تنظيم برامج تدريب وتأهيل للموظفين المسؤولين عن الحسابات الحكومية، بما يساعدهم على القيام بالمهام المالية والمحاسبية بكفاءة.
3- تعزيز ثقافة الشفافية والمصداقية في نظام المحاسبة الحكومية، عن طريق تحسين جودة التقارير المالية وزيادة النشر المتاح لها.
4- تطوير نظام لإدارة الديون والإلتزامات الحكومية، بشكل يقلل من الأثر السلبي على الميزانية الحكومية، ويحسن من الأداء المالي للحكومة.