بعض المشاكل التي يواجهها المحاسبون المستقلون في مهنتهم يمكن تلخيصها كالتالي:
1- انقطاع العملاء: يمكن أن يمر المحاسب المستقل بفترات من الانقطاع الطويلة عن العملاء، مما يؤثر على الدخل الشخصي.
2- الشؤون الإدارية: يتعين على المحاسب المستقل التكفل بشؤون إدارية كنشر الإعلانات والإعلان عن خدماته وتحديد الأسعار والعقود والدفع وغيرها، وهذا يأخذ وقتًا قد يؤثر على كفاءته في أداء الخدمات المحاسبية.
3- عدم الثقة: يمكن للعملاء عدم الثقة في المحاسب المستقل والتردد في التعامل معه، خاصة إذا لم يتملك مؤهلاته اللازمة والخبرة الكافية.
4- المنافسة الشديدة: يمكن أن يكون هناك تنافس شديد بين المحاسبين المستقلين، لذلك يجب عليهم أن يعرفوا كيفية تحديد الأسعار المناسبة لخدماتهم.
5- التعامل مع الضرائب والقوانين: يجب على المحاسب المستقل الالتزام بجميع القوانين المتعلقة بالضرائب والإدارة المالية، وهذا يتطلب معرفة عميقة بتلك القوانين وتحديث المعلومات دائمًا.