هناك العديد من المساوئ في استخدام المحاليل الكميائية، ومنها:
1- السمية: العديد من المواد الكيميائية، خاصة تلك التي تستخدم في المختبرات الطبية والعلمية، قد تكون سامة وخطيرة عند التعرض للجسم، وتسبب العديد من المشاكل الصحية مثل التهابات الجلد والعيون والجهاز التنفسي.
2- التلوث: المحاليل الكيميائية قد تتسبب في التلوث البيئي والتلوث الجوي عند التخلص منها بشكل خاطئ.
3- التحديدات الفعالة: قد يصعب التنبؤ بالتأثيرات الكاملة لبعض المحاليل الكيميائية الجديدة والتي لم يتم دراستها بشكل كافٍ.
4- التكلفة: قد تكون تكلفة المواد الكيميائية باهظة الثمن، خاصة إذا كانت الكميات المستخدمة كبيرة.
5- الإخطار: قد يتم إخطار العملاء بجهاز استشعار السمية أو عندما يتم الكشف عن مادة كيميائية ضارة في المحلول.