استخدام الأشعة السينية في الكيمياء الفوق جزيئية يمكن أن يسبب بعض المخاطر، من بينها:
1- التعرض المفرط للأشعة السينية يمكن أن يسبب تغيراً في البنية الجزيئية للعينة، مما يؤدي إلى الفشل في إجراء الاختبارات بطريقة صحيحة.
2- يمكن أن تتضرر البيئة المحيطة بجهاز الأشعة السينية، خاصة إذا تم التعامل مع المنتجات الكيميائية في موقع غير مناسب.
3- يمكن أن يحدث تسرب للإشعاع بسبب أخطاء في إجراء الاختبارات أو سوء استخدام الأجهزة.
4- تراكم الجرعة الإشعاعية يمكن أن يتسبب في مشاكل صحية خطيرة للعاملين في مجال الكيمياء الفوق جزيئية.
للتقليل من هذه المخاطر، يجب اتباع إجراءات السلامة والتقنيات الصحيحة لإجراء الاختبارات والتعامل مع المنتجات الكيميائية والأشعة السينية. كما يجب توفير مساحات عمل آمنة وجيدة التهوية للعاملين في هذا المجال، وتأمين الأجهزة الضرورية لحماية الأشعة السينية.