تشمل قواعد الطاقة في الكيمياء الفوق جزيئية:
1. الطاقة الحرارية: وهي الطاقة التي تنتج عن تحريك الجزيئات وارتفاع حرارتها.
2. الطاقة الكيميائية: وهي الطاقة المخزنة في الروابط الكيميائية بين الذرات والجزيئات.
3. الطاقة الكهربائية: وهي الطاقة المخزنة في ترتيب الإلكترونات في الذرات والجزيئات.
4. الطاقة النووية: وهي الطاقة المخزنة في تفاعلات النواة، مثل الانشطار والاندماج النووي.
تأثر هذه الأنواع من الطاقة بشكل كبير على تفاعلات وتفاعلات الجزيئات والذرات في الكيمياء الفوق جزيئية.