توفر الفواكه والخضروات العضوية في الهندسة الزراعية العديد من الفوائد، ومنها:
1- خلوها من المبيدات الحشرية والكيماويات الضارة، مما يجعلها أكثر صحة للجسم.
2- توفر مذاقًا ونكهة طبيعية، حيث إنها لم تتعرض للعديد من المعالجات الكيميائية التي قد يخضع لها المنتجات العادية.
3- تحافظ على تنوع الحياة البرية، حيث إن المزارع العضوية تحتفظ بالتنوع الحيوي في المحاصيل، بما في ذلك بقية النباتات المفيدة والمتناغمة والحشرات والدبابير والطيور.
4- تعتبر الفواكه والخضروات العضوية أكثر مقاومة للأمراض، حيث يتم تطبيق ممارسات زراعية خاصة تحافظ على صحة النباتات وهذا يقلل الاستخدام الكيميائي للعلاج.
5- قد تنتج مزارع الفواكه والخضروات العضوية كميات أكبر قليلاً من المحصول، الأمر الذي يساعد في الحفاظ على البيئة وتخفيف الإجهاد على الأرضية المزروعة.