تتضمن بعض عيوب كونفدرالية سياسية:
1- قد يؤدي غياب تمسك واحد بقوانين وطنية إلى انفصال الأقاليم عن بعضها البعض.
2- عدم وجود قيادة مركزية واحدة تؤدي إلى صعوبة إدارة الأمور واتخاذ القرارات الحاسمة.
3- احتمال تفاوت القوانين بين الأقاليم مما يزيد من تعقيد الأمور وصعوبة التفاهم بينها.
4- توافر نطاق أقل لتحقيق الأهداف الاقتصادية والسياسية المتفق عليها.
5- مخاطرة بفتح الباب أمام تدخلات الدول الأخرى في الشؤون الداخلية للأقاليم.