بعض من عيوب الشريحة الإلكترونية هي:
1- عدم القدرة على الاستخدام في بعض المناطق التي لا توفر خدمة الجيل الثالث.
2- تأخر استخدام بعض البلدان للتقنية الحديثة في إصدار الشرائح الإلكترونية، مما يؤثر على العمليات الإلكترونية التي يمكن تنفيذها.
3- صعوبة الحفاظ عليها من الضياع أو التلف بسهولة.
4- بعض البرامج والخدمات تتطلب وجود الشريحة الكلاسيكية، ما يجعل الشريحة الإلكترونية غير متاحة للاستخدام في بعض الحالات.
5- قد يكون بعض الأفراد غير ملمين بطريقة استخدامها، مما يؤدي إلى الخطأ أثناء الاستخدام، مثل الفقدان أو الإسقاط.